Медиаторы, выделяющиеся в конкретных синапсах, по своим эффектам делятся на две большие группы: возбуждающие и тормозные.
Возбуждающие — те, которые заставляют следующую клетку работать, генерировать импульсы, а тормозные — те, которые мешают следующей клетке проводить, как правило, ненужную информацию.